Theo điều 7, Thông tư 32/2011/TT-BTC, Tổ chức khởi tạo hóa đơn điện tử trước khi khởi tạo hoá đơn điện tử phải ra Quyết định áp dụng hoá đơn điện tử, Khởi tạo mẫu hóa đơn điện tử, Lập thông báo phát hành hóa đơn điện tử theo mẫu của Thông tư 32/2011/TT-BTC để gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp bằng văn bản giấy hoặc bằng văn bản điện tử gửi thông qua cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế.
Trước khi làm bộ hồ sơ, doanh nghiệp nên liên hệ cán bộ Thuế quản lý để biết xem Chi cục Thuế quản lý nhận hồ sơ qua hình thức nào để chuẩn bị cho phù hợp.
Doanh nghiệp thực hiện theo 2 bước sau:
Bước 1: Lập hồ sơ thông báo phát hành hóa đơn điện tử
Bước 2: Nộp hồ sơ cho Cơ quan Thuế. Xem hướng dẫn chi tiết tại đây
Lưu ý: Sau 2 ngày gửi thông báo, nếu không có phản hồi của Cơ quan thuế, doanh nghiệp được phép sử dụng hóa đơn điện tử theo thông báo phát hành. Doanh nghiệp có thể tra cứu thông báo và mẫu hóa đơn đã nộp tại địa chỉ http://tracuuhoadon.gdt.gov.vn.

Theo điều 3, Nghị định 130/2018/TT-BTC:
“Chữ ký số” là một dạng chữ ký điện tử được tạo ra bằng sự biến đổi một thông điệp dữ liệu sử dụng hệ thống mật mã không đối xứng, theo đó, người có được thông điệp dữ liệu ban đầu và khóa công khai của người ký có thể xác định được chính xác:
a) Việc biến đổi nêu trên được tạo ra bằng đúng khóa bí mật tương ứng với khóa công khai trong cùng một cặp khóa;
b) Sự toàn vẹn nội dung của thông điệp dữ liệu kể từ khi thực hiện việc biến đổi nêu trên.
“Chứng thư số” là một dạng chứng thư điện tử do tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số cấp nhằm cung cấp thông tin định danh cho khóa công khai của một cơ quan, tổ chức, cá nhân, từ đó xác nhận cơ quan, tổ chức, cá nhân là người ký chữ ký số bằng việc sử dụng khóa bí mật tương ứng. Theo điều 5, Nghị định 119/2018/NĐ-CP, Nội dung của chứng thư số bao gồm: Chứng thư số do Tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số quốc gia, tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng, tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số chuyên dùng Chính phủ, tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số chuyên dùng của cơ quan, tổ chức cấp phải bao gồm các nội dung sau:
1. Tên của tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số.
2. Tên của thuê bao.
3. Số hiệu chứng thư số.
4. Thời hạn có hiệu lực của chứng thư số.
5. Khóa công khai của thuê bao.
6. Chữ ký số của tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số.
7. Các hạn chế về mục đích, phạm vi sử dụng của chứng thư số.
8. Các hạn chế về trách nhiệm pháp lý của tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số.
9. Thuật toán mật mã.
10. Các nội dung cần thiết khác theo quy định của Bộ Thông tin và Truyền thông.

Theo điều 9, Thông tư 32/2011/TT-BTC:
1. Trường hợp Hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ hoặc hóa đơn điện tử đã lập và gửi cho người mua, người bán và người mua chưa kê khai thuế, nếu phát hiện sai thì chỉ được hủy khi có sự đồng ý và xác nhận của người bán và người mua. Việc hủy hóa đơn điện tử có hiệu lực theo đúng thời hạn do các bên tham gia đã thỏa thuận. Hóa đơn điện tử đã hủy phải được lưu trữ phục vụ việc tra cứu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Người bán thực hiện lập hóa đơn điện tử mới theo quy định tại Thông tư 32/2011/TT-BTC để gửi cho người mua, trên hóa đơn điện tử mới phải có dòng chữ “hóa đơn này thay thế hóa đơn số…, ký hiệu, gửi ngày tháng năm”
2. Trường hợp hóa đơn đã lập và gửi cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập văn bản thỏa thuận có chữ ký điện tử của cả hai bên và ghi rõ sai sót
– Đồng thời người bán lập hoá đơn điện tử điều chỉnh sai sót. Hoá đơn điện tử lập sau ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hoá, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng, tiền thuế giá trị gia tăng cho hoá đơn điện tử số…, ký hiệu…
– Căn cứ vào hoá đơn điện tử điều chỉnh, người bán và người mua thực hiện kê khai điều chỉnh theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và hóa đơn hiện hành. Hoá đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-).